Όταν για οποιοδήποτε λόγο κενωθεί ο Αρχιεπισκοπικός Θρόνος, ο πρώτος τη τάξει εν ενεργεία Μητροπολίτης αναλαμβάνει ως Τοποτηρητής, την προσωρινή διοίκηση της Αρχιεπισκοπικής περιφέρειας μέχρι την εκλογή του νέου Αρχιεπισκόπου.
Στην περίπτωση της Εκκλησίας της Κύπρου πρώτος τη τάξει είναι ο εκάστοτε Μητροπολίτης Πάφου, δεύτερος ακολουθεί ο Κιτίου, μετά ο Κυρηνείας, ο Λεμεσού και τέλος ο Μόρφου.
Ο Τοποτηρητής περιορίζεται στα εντελώς απαραίτητα και καθημερινά θέματα που αφορούν την Αρχιεπισκοπική περιφέρεια και δεν μπορεί να κάμει αλλαγές στο ισχύον καθεστώς ούτε στο προσωπικό της.

ΠΟΙΟΙ ΜΠΟΡΟΥΝ ΝΑ ΔΙΕΚΔΙΚΗΣΟΥΝ ΤΟΝ ΑΡΧΙΕΠΙΣΚΟΠΙΚΟ ΘΡΟΝΟ
Τον Αρχιεπισκοπικό Θρόνο μπορούν να διεκδικήσουν, όλοι οι Μητροπολίτες, οι Χωρεπίσκοποι και όλοι οι κληρικοί που έχουν τα προσόντα για εκλογή σε Αρχιερατεία. Δηλαδή, πρέπει να είναι άγαμοι, να έχουν ηλικία τριάντα χρονών και πάνω, να κατέχουν πτυχίο αναγνωρισμένης Ορθόδοξης Θεολογικής Σχολής, να είναι άτομα που να μη μπορεί κάποιος να τους μεμφθεί για το ήθος τους, την πίστη και την ευσέβειά τους και να έχουν τουλάχιστο πενταετή ευδόκιμο ενεργό εκκλησιαστική υπηρεσία ως κληρικοί.

ΔΙΑΔΙΚΑΣΙΑ ΕΚΛΟΓΗΣ ΑΡΧΙΕΠΙΣΚΟΠΟΥ
Ο Τοποτηρητής του Αρχιεπισκοπικού Θρόνου, υποχρεούται όπως μέσα σε δέκα μέρες το αργότερο από την μέρα κένωσης του Θρόνου, να στείλει δυο εγκυκλίους σχετικές με τη διεξαγωγή των Αρχιεπισκοπικών εκλογών. Η μια πρέπει να πάει στους εφημέριους, δίνοντάς τους την εντολή όπως μέσα σε δέκα μέρες κάμουν τις ανάλογες διορθώσεις-συμπληρώσεις στους εκλογικούς καταλόγους και τους αναρτήσουν σε περίοπτο μέρος στη κεντρική είσοδο των ναών. Η δεύτερη να απευθύνεται προς το πλήρωμα της Εκκλησίας της Κύπρου για ενημέρωση σχετικά με την υποβολή υποψηφιοτήτων, την μέρα και ώρα εκλογής των Ειδικών Αντιπροσώπων.
Αν για οποιοδήποτε λόγο ο πρώτος τη τάξει Μητροπολίτης παραλείψει να αποστείλει τις εγκυκλίους για να τροχιοδρομηθεί η διαδικασία  εκλογής νέου Αρχιεπισκόπου, τότε αναλαμβάνει ως τοποτηρητής ο δεύτερος τη τάξει, αν δε υπάρχει πρόβλημα και με τον δεύτερο αναλαμβάνει ο τρίτος κ.ο.κ.

ΕΚΛΟΓΗ ΕΙΔΙΚΩΝ ΑΝΤΙΠΡΟΣΩΠΩΝ
Ο τοποτηρητής με εγκύκλιό του προς όλες τις κοινότητες και ενορίες, ενημερώνει τους ενδιαφερόμενους για την ημερομηνία, ώρα και τόπο διεξαγωγής των εκλογών με μυστική ψηφοφορία, για την ανάδειξη των Ειδικών Αντιπροσώπων. (Οι αντιπρόσωποι είναι κάτι ανάλογο με τους εκλέκτορες στις Αμερικανικές προεδρικές εκλογές, είναι υποστηρικτές των υποψηφίων). Αυτή η ημερομηνία δεν πρέπει να είναι αργότερα από τριάντα μέρες από την μέρα αποστολής της εγκυκλίου.

Δικαίωμα ψήφου έχουν όλοι οι Ορθόδοξοι Χριστιανοί ηλικίας άνω των δεκαοκτώ χρονών, που κατοικούν στην κοινότητα ή ενορία τους για τουλάχιστο ένα χρόνο και είναι εγγεγραμμένοι στους εκλογικούς καταλόγους της κοινότητας ή ενορίας.
Δεν μπορούν να εγγραφούν στους εκλογικούς καταλόγους, όσοι τελούν υπό εκκλησιαστικό επιτίμιο, δηλαδή τους έχει επιβληθεί εκκλησιαστική ποινή για σοβαρό παράπτωμα, όσοι εκδηλώνουν απόψεις αντίθετες με την Ορθόδοξο Χριστιανική Διδασκαλία και σε όσους εκφράζονται με ασέβεια προς την Εκκλησία και τους Λειτουργούς Της. Τον αποκλεισμό αυτό μπορεί να άρει μόνο ο οικείος Επίσκοπος, στη περίπτωση που πεισθεί για την ειλικρινή μεταμέλεια του επηρεαζόμενου. Στη περίπτωση αποκλεισμού ομάδας προσώπων, η απόφαση λαμβάνεται από την Ιερά Σύνοδο.

Όταν αναρτηθούν οι εκλογικοί κατάλογοι, ο κάθε ψηφοφόρος, μπορεί μέσα σε τρεις μέρες να υποβάλει ένσταση για συμπερίληψη μη δικαιούχου σ’αυτούς ή παράλειψη εγγραφής δικαιούχου. Η ένσταση πρέπει να είναι έγγραφη και να απευθύνεται στον οικείο Επίσκοπο που είναι και ο μόνος που θα αποφασίσει οριστικά και αμετάκλητα γι’αυτή.

Οι ενδιαφερόμενοι για εκλογή τους ως Ειδικοί Αντιπρόσωποι, πρέπει να είναι Έλληνες Ορθόδοξοι Χριστιανοί, κάτοικοι της κοινότητας ή ενορίας τους για ένα τουλάχιστο χρόνο και να έχουν συμπληρώσει το εικοστό πέμπτο έτος της ηλικίας τους. Πρέπει δε να υποβάλουν την αίτησή τους το αργότερο μέχρι το μεσημέρι της Πέμπτης πριν τη Κυριακή που θα διεξαχθούν οι εκλογές.
Αν ο αριθμός των υποψηφίων δεν υπερβαίνει τον προβλεπόμενο αριθμό των Ειδικών Αντιπροσώπων στη κοινότητα ή ενορία, δεν γίνονται εκλογές και αυτόματα ανακηρύσσονται ως εκλεγέντες.

Για την Αρχιεπισκοπική Περιφέρεια προβλέπονται τετρακόσιοι Ειδικοί Αντιπρόσωποι, ενώ στις Μητροπολιτικές Περιφέρειες αναλογούν διακόσιοι στη κάθε μια.

ΕΚΛΟΓΗ ΓΕΝΙΚΩΝ ΑΝΤΙΠΡΟΣΩΠΩΝ
Σε εικοσιδύο μέρες από την εκλογή των Ειδικών Αντιπροσώπων, οι εκλεγέντες καλούνται με εγκύκλιο του Τοποτηρητή να προσέλθουν σε προκαθορισμένη ημερομηνία, ώρα και εκλογικά κέντρα, για να ψηφίσουν και εκλέξουν τους εκατό (100) Γενικούς Αντιπροσώπους. Πενήντα (50)στην Αρχιεπισκοπική Περιφέρεια, από τους οποίους οι δεκαεπτά (17) πρέπει να είναι κληρικοί, δέκα (10) στην Μητροπολιτική Περιφέρεια Πάφου με τους τέσσερις να είναι κληρικοί, δέκα (10)  στη Μητροπολιτική Περιφέρεια Κιτίου με τους τρεις να είναι κληρικοί, δέκα (10) στη Μητροπολιτική Περιφέρεια Κυρηνείας με τους τρεις να είναι κληρικοί, δέκα (10) στη Μητροπολιτική Περιφέρεια Λεμεσού με τους τέσσερις να είναι κληρικοί και στη Μητροπολιτική Περιφέρεια Μόρφου δέκα (10) με τους τρεις να είναι κληρικοί.

Οι Γενικοί Αντιπρόσωποι πρέπει να είναι Έλληνες Ορθόδοξοι Χριστιανοί, να είναι ηλικίας τριάντα χρονών και πάνω, να είναι εγγεγραμμένοι στους εκλογικούς καταλόγους της Μητροπολιτικής τους Περιφέρειας και να διακρίνονται για το ήθος, την αγάπη και την ευσέβειά τους προς την Εκκλησία και τους Λειτουργούς Της.

Σε περίπτωση ενστάσεων για την εκλογή Ειδικών ή Γενικών Αντιπροσώπων αποφαίνεται οριστικά και αμετάκλητα η Ιερά Σύνοδος.

ΕΚΛΟΓΙΚΗ ΣΥΝΕΛΕΥΣΗ
Η Εκλογική Συνέλευση για την εκλογή του Αρχιεπισκόπου αποτελείται από δυο σώματα.

Στο πρώτο σώμα συμπεριλαμβάνονται  όλοι οι οφφικιάλιοι (τιτλούχοι):

• Tα μέλη της Ιεράς Συνόδου και οι ευρισκόμενοι “εν κανονική τάξει Αρχιερείς.
• Οι Ηγούμενοι ή αντιπρόσωποί τους, από τις παλιές ανδρικές μονές, όπως τη μονή Κύκκου, Μαχαιρά, Αγίου Νεοφύτου, Τροοδίτισσας, της   Χρυσορρογιάτισσας και του Σταυροβουνιού.
• Οι Ηγούμενοι σε αντρικές και γυναικείες μονές που έχουν συσταθεί κανονικά και ο αριθμός των μοναχών σε αυτές, δεν είναι μικρότερος των πέντε.
• Από δυο αξιωματούχους άγαμους κληρικούς της Αρχιεπισκοπής κατά προτίμηση θεολόγους.
• Από τρεις αξιωματούχους κληρικούς θεολόγους της πόλης και προαστίων της Λευκωσίας και ένα αξιωματούχο κληρικό θεολόγο από την πόλη της Αμμοχώστου.

Στο δεύτερο σώμα είναι όλοι οι κληρικοί και λαϊκοί εκλεγέντες Γενικοί Αντιπρόσωποι.

Όλοι, οφφικιάλιοι (τιτλούχοι) και αιρετοί Γενικοί Αντιπρόσωποι που θα συναποτελέσουν την Εκλογική Συνέλευση για την εκλογή του Αρχιεπισκόπου, πρέπει να προσκληθούν ονομαστικά και εγγράφως από τον Τοποτηρητή εντός τριών ημερών μετά την επικύρωση των αποτελεσμάτων της εκλογής των Γενικών Αντιπροσώπων. Με την πρόσκληση θα καλούνται όπως προσέλθουν στο Μέγα Συνοδικό της Ιεράς Αρχιεπισκοπής τη δέκατη πέμπτη μέρα από την έκδοση της εγκυκλίου για να εκλέξουν με μυστική ψηφοφορία τον νέο Αρχιεπίσκοπο.

Αν κατά την ορισθείσα μέρα και ώρα της εκλογής τα παρόντα μέλη της Εκλογικής Συνέλευσης δεν είναι τα δύο τρίτα των μελών της, τότε λόγω μη απαρτίας η εκλογή αναβάλλεται για την επόμενη μέρα την ίδια ώρα. Την επόμενη μέρα οσοιδήποτε παρευρεθούν θεωρούνται απαρτία και προχωρούν στην εκλογή.

Αν η μη προσέλευση στην Εκλογική Συνέλευση οφείλεται σε ανωτέρα βία τότε η Εκλογική Συνέλευση αναβάλλεται.
Όλα τα μέλη της Εκλογικής Συνέλευσης, πρέπει να φέρουν μαζί τους την πολιτική τους ταυτότητα για έλεγχο πριν την είσοδό τους στο Μέγα Συνοδικό, γιατί δεν επιτρέπεται σε κανένα άλλο να εισέλθει.

Πριν από τη Εκλογική Συνέλευση γίνεται προσευχή και επίκληση του Αγίου Πνεύματος και ο Τοποτηρητής προσφωνεί και καλεί την Εκλογική Συνέλευση να εκλέξει τον πιο κατάλληλο για τον Αρχιεπισκοπικό Θρόνο, που απαραίτητα πρέπει να έχει τα ανάλογα προσόντα, τα οποία διαβάζει μεγαλοφώνως ο Τοποτηρητής.

Ακολούθως καλείται ο κάθε εκλέκτορας να πάρει το ψηφοδέλτιο και να ψηφίσει σε ειδικά διαμορφωμένο χώρο, γράφοντας το όνομα του κληρικού που θέλει να εκλεγεί.

Οι οφφικιάλιοι (τιτλούχοι) ρίχνουν το ψηφοδέλτιό τους σε ξεχωριστή κάλπη από αυτή των αιρετών Γενικών Αντιπροσώπων.
Μετά τη λήξη της ψηφοφορίας η καταμέτρηση των ψήφων γίνεται από τα μέλη της Ιεράς Συνόδου.

Για να εκλεγεί ένας κληρικός Αρχιεπίσκοπος, πρέπει να εξασφαλίσει την απόλυτη, πλειοψηφία τόσο στους οφφικιάλιους (τιτλούχους) όσο και στους αιρετούς Γενικούς Αντιπροσώπους, αν όχι, τότε η εκλογή επαναλαμβάνεται. Αν και στη δεύτερη ψηφοφορία  δεν εξασφαλίσει κάποιος την προβλεπόμενη πλειοψηφία και στα δυο σώματα , τότε γίνεται τρίτη ενιαία ψηφοφορία με μια κάλπη και με δυο υποψηφίους, αυτούς που εξασφάλισαν τους περισσότερους ψήφους  αθροιζόμενους και στα δυο σώματα ο ένας στους οφφικιάλιους (τιτλούχους) και ο άλλος στους αιρετούς Γενικούς Αντιπροσώπους.     

Αν στην Τρίτη ψηφοφορία υπάρξει ισοψηφία, τότε τον Αρχιεπίσκοπο ψηφίζουν και εκλέγουν τα μέλη της Ιεράς Συνόδου. Αν και πάλι υπάρξει ισοψηφία, τότε γίνεται κλήρωση.

Μετά την εκλογή, τα μέλη της Ιεράς Συνόδου και οι Γενικοί Αντιπρόσωποι κατέρχονται στον Καθεδρικό ναό του Αγίου Ιωάννη  για τέλεση της Κανονικής Πράξης.

Αν ο εκλεγής Αρχιεπίσκοπος δεν είναι Αρχιερέας, το μήνυμα, η χειροτονία και ενθρόνιση γίνεται σε δεκαπέντε μέρες.